Vzorky bioorganického odpadu jsou velmi běžné, jako je zahradní odpad nebo zbytky potravin, a jsou všestranné. V rotorových mlýnech je lze mnohem snadněji rozemlít, pokud jsou vysušené, aby nedocházelo k jejich ucpávání a lepivému efektu. Vysušené kaly z čistíren odpadních vod se běžně melou na částice o velikosti přibližně 2 mm v rotorovém mlýně, zde je dobrou volbou základní model SM 100. Přibližně 100 g vzorku vyžaduje - v závislosti na vlastnostech vzorku, jako je velikost vstupní suroviny a zbytková vlhkost - 2 až 4 min. Zahradní zbytky obsahující větvičky a další houževnatý rostlinný odpad je třeba předem rozmělnit v mlýně SM 200 nebo ve výkonných modelech SM 300 s vyššími otáčkami a s použitím robustního šestidiskového rotoru. Jemné mletí lze provádět v planetových kulových mlýnech, jako je PM 200, nebo v ultra odstředivém mlýně ZM 300, v závislosti na požadovaném výkonu vzorku a konečné jemnosti. Zbytky potravin, jako je pomerančová kůra, je před mletím v rotorovém mlýně také třeba vysušit. Větší množství vzorků, například 1 kg, lze zpracovat v rotorovém mlýně SR 300. Protože tyto vzorky mají tendenci se během mletí zahřívat, je nutné pomalé podávání a výhodné je použití distančního rotoru. Pro 1 kg vzorku je zapotřebí přibližně 25 minut, pokud se použije spodní síto o průměru 1,5 mm.

Střižný mlýn SM 300 je nejvhodnější mlýn pro předemletí měkkých materiálů vzorků. Pro tuto aplikaci je typický paralelní sekční rotor a spodní síta o velikosti 2 - 6 mm. Cyklon pomáhá vyprázdnit načechraný vzorek z mlecí komory. V závislosti na materiálu, např. pro houževnatější kožené výrobky může být vyžadováno kryogenní mletí v kroku předběžného mletí. Zde ponořením vzorku na několik minut do kapalného dusíku vzorek zkřehne. V případě kryogenního mletí je lepší použít robustnější 6-ti diskový rotor.

Krok jemného mletí se provádí buď v kulovém mlýnu nebo v ultraodstředivém mlýnu ZM 300. Zkřehnutí předem namletých vláknitých vzorků může pomoci získat jemně mleté ​​částice. Protože vlákna neudrží nízké teploty a mají tendenci se rychle zahřívat, je smíchání se suchým ledem lepší než křehnutí tekutým dusíkem. K tomu se vlákna smíchají v poměru 1:2 se sněhem ze suchého ledu a kompletní směs se přivede do ZM, obvykle vybaveného kruhovým sítem 0,5 mm a provozovaného při 18 000 ot./min. Pro kryogenní mletí by měl být použit cyklon. Dalším způsobem, jak získat velmi jemné částice textilií, je použít buď CryoMill nebo MM 500 control. MM 500 control nabízí větší mlecí nádoby než CryoMill a dvě mlecí stanice. V obou mlýnech se použije kapalného dusíku pro zkřehnutí vzorku. V obou případech je pro zmrazení vzorků nejprve zapotřebí doba předchlazení 10-20 minut. Vzorek se poté mele v cca 10 cyklech po cca 1 min při 30 Hz s 1 min přestávkami na chlazení.