Bioorganische Abfälle wie Gartenabfälle oder Speisereste sind sehr häufig und heterogen. Sie können in Rotormühlen viel einfacher gemahlen werden, wenn sie getrocknet sind, um Verstopfungen der Bodensiebe und Verklebungen zu vermeiden. Getrockneter Klärschlamm wird üblicherweise in einer Schneidmühle auf ca. 2 mm gemahlen, hier ist das Basismodell SM 100 eine gute Wahl. Etwa 100 g Probe benötigen - je nach Probenbeschaffenheit wie Aufgabegröße und Restfeuchte - zwischen 2-4 min. Gartenabfälle mit Zweigen und anderen zähen Pflanzenresten müssen in der SM 200 oder in der starken SM 300 mit höherer Drehzahl und dem robusten 6-Scheiben Rotor vorzerkleinert werden. Die Feinvermahlung kann in Planetenkugelmühlen wie der PM 200 oder der Ultra-Zentrifugalmühle ZM 300 erfolgen, je nach gewünschtem Probendurchsatz und Endfeinheit. Auch Lebensmittelreste wie Orangenschalen müssen vor der Vermahlung in einer Rotormühle getrocknet werden. Größere Probenmengen, wie 1 kg können in der Rotorschlagmühle SR 300 verarbeitet werden. Da diese Proben dazu neigen, sich während der Vermahlung zu erwärmen, ist eine langsame Zuführung erforderlich, und der Einsatz des Distanzrotors ist von Vorteil. Für die 1 kg Probe werden bei Verwendung eines 1,5 mm Bodensiebes etwa 25 min benötigt.

Die Schneidmühle SM 300 ist die Mühle der Wahl zum Vorzerkleinern von weichem Probenmaterial. Typisch für diese Anwendung sind der Parallelschnitt-Rotor und Bodensiebe mit 2 - 6 mm Öffnung. Ein Zyklon hilft, die fluffige Probe aus dem Mahlraum auszutragen. Je nach Material, z.B. bei härteren Lederartikeln, kann im Vorzerkleinerungsschritt eine Kryogenevermahlung erforderlich sein. Dabei wird die Probe für einige Minuten in flüssigen Stickstoff getaucht, um sie zu verspröden. Bei der Kryogenvermahlung ist es besser, den robusteren 6-Scheiben Rotor zu verwenden.

Die Feinvermahlung erfolgt entweder in einer Kugelmühle oder in der Ultra-Zentrifugalmühle ZM 300. Das Verspröden der vorgeschnittenen faserigen Proben kann helfen, fein gemahlene Partikel zu erhalten. Da die Fasern die niedrigen Temperaturen nicht halten und sich schnell erwärmen, ist das Mischen mit Trockeneis hier besser geeignet als die Verwendung von flüssigem Stickstoff. Dazu werden die Fasern im Verhältnis 1:2 mit Trockeneisschnee gemischt und das gesamte Gemisch in die ZM 300 gegeben, die in der Regel mit einem 0,5 mm Ringsieb ausgestattet ist und mit 18000 U/min betrieben wird. Für die kryogene Vermahlung sollte ein Zyklon verwendet werden. Eine weitere Möglichkeit, sehr feine Partikel von Textilien zu erhalten, ist die Verwendung der CryoMill oder der MM 500 control. Die MM 500 control bietet größere Mahlbecher als die CryoMill und zwei Mahlstationen. Beide Mühlen verspröden die Probe, indem sie flüssigen Stickstoff zur Kühlung verwenden. Die Probe wird dann in ca. 10 Zyklen von ca. 1 min bei 30 Hz mit 1 min Abkühlpausen gemahlen.