Vzorky bioorganického odpadu sú veľmi rozšírené, napríklad záhradný odpad alebo zvyšky jedla, a sú univerzálne. V rotorových mlynoch sa dajú oveľa ľahšie rozomlieť, ak sú vysušené, aby sa zabránilo ich upchávaniu a lepeniu. Vysušené kaly z čističiek odpadových vôd sa v rotorovom mlyne zvyčajne melú na veľkosť častíc približne 2 mm, tu je dobrou voľbou základný model SM 100. Približne 100 g vzorky si vyžaduje - v závislosti od vlastností vzorky, ako je veľkosť vstupného materiálu a zvyšková vlhkosť - 2 až 4 min. Záhradné zvyšky obsahujúce vetvičky a iný húževnatý rastlinný odpad sa musia predomlieť v mlyne SM 200 alebo vo výkonných modeloch SM 300 s vyššími otáčkami a použitím robustného šesťkotúčového rotora. Jemné mletie sa môže vykonávať v planetových guľových mlynoch, ako je PM 200, alebo v ultraodstredivom mlyne ZM 300, v závislosti od požadovanej priepustnosti vzorky a konečnej jemnosti. Pred mletím v rotorovom mlyne je potrebné vysušiť aj zvyšky potravín, napríklad pomarančovú kôru. Väčšie množstvá vzoriek, napríklad 1 kg, sa môžu spracovať v rotorovom mlyne SR 300. Keďže tieto vzorky majú tendenciu sa počas mletia zahrievať, je potrebný pomalý prísun a výhodné je použitie dištančného rotora. Na 1 kg vzorky je potrebných približne 25 minút, ak sa použije spodné sito s priemerom 1,5 mm.

Strižný mlyn SM 300 je najvhodnejší mlyn na predmletie mäkkých materiálov vzoriek. Pre túto aplikáciu je typický paralelný sekčný rotor a spodné sitá s veľkosťou 2 - 6 mm. Cyklón pomáha vyprázdniť našuchorený vzorku z mlecej komory. V závislosti od materiálu, napr. pre húževnatejšie kožené výrobky môže byť vyžadované kryogénne mletie v kroku predbežného mletia. Tu ponorením vzorky na niekoľko minút do kvapalného dusíka vzorku skrehne. V prípade kryogénneho mletia je lepšie použiť robustnejší 6 diskový rotor.

Krok jemného mletia sa vykonáva buď v guľovom mlyne alebo v ultraodstredivom mlyne ZM 300. Skrehnutie vopred namletých vláknitých vzoriek môže pomôcť získať jemne mleté ​​častice. Pretože vlákna neudržia nízke teploty a majú tendenciu sa rýchlo zahrievať, je zmiešanie so suchým ľadom lepšie ako krehnutie tekutým dusíkom. K tomu sa vlákna zmiešajú v pomere 1:2 so snehom zo suchého ľadu a kompletná zmes sa privedie do ZM, obvykle vybaveného kruhovým sitom 0,5 mm a prevádzkovaného pri 18 000 ot./min. Pre kryogénne mletie by mal byť použitý cyklón. Ďalším spôsobom, ako získať veľmi jemné častice textílií, je použiť buď CryoMill alebo MM 500 control. MM 500 control ponúka väčšie mlecie nádoby ako CryoMill a dve mlecie stanice. V oboch mlynoch sa použije kvapalný dusík na skrehnutie vzorky. V oboch prípadoch je na zmrazenie vzoriek najprv potrebná doba predchladenia 10-20 minút. Vzorka sa potom melie v cca 10 cykloch po cca 1 min pri 30 Hz s 1 min prestávkami na chladenie.